Setelah berakhirnya MMORPG realitas virtual yang sangat populer “The World,” versi baru dari game tersebut—The World R:2—diluncurkan. Pada hari pertamanya bermain, pendatang baru Haseo mengira ia telah mendapatkan beberapa teman untuk diajak bertualang. Namun, seolah-olah mengejek perasaannya, mereka membunuh karakternya hanya untuk bersenang-senang. Untungnya, ia diselamatkan oleh pemain misterius berlengan satu bernama Ovan yang menawarkan diri untuk mengajaknya berkeliling The World.
Bersama Ovan dan teman pendetanya Shino, Haseo menikmati tahun pertama yang luar biasa dalam game tersebut. Namun, kehidupan yang damai ini hancur ketika karakter Shino dibunuh oleh sosok yang dikenal dengan nama Tri-Edge, yang semua korbannya telah mengalami koma di dunia nyata. Dalam kemarahannya, Haseo bersumpah untuk menemukan Tri-Edge yang sulit ditangkap dan membunuhnya.
Berlangsung selama tahun pertama Haseo di The World, .hack//Roots mengeksplorasi persahabatan yang dibangun Haseo dalam permainan sebelum Tri-Edge merenggutnya.
[Written by MAL Rewrite]
