Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir seri sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap atas dugaan terorisme. Sebuah video menunjukkan bukti konkret bahwa Yuuji melakukan tindakan ini, dan ia ditahan oleh Ichigaya.
Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan kepadanya. Namun, ia gagal membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat mematikan. Faktanya, Ichigaya punya rencana sendiri untuk Yuuji…
Namun, semua mungkin tidak akan berakhir buruk bagi Yuuji. Gadis-gadis di Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji digunakan untuk keuntungan politik, dan begitu pula sosok misterius baru yang muncul di hadapan mereka.
