Empat belas tahun setelah Third Impact, Bumi menjadi gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang dikenal Shinji Ikari hampir tidak dapat dikenali lagi. Terjebak di dalam Evangelion Unit-01, ia diselamatkan dari luar angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Illustrious Makinami, hanya untuk mendapati dirinya sebagai tawanan WILLE, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan walinya Misato Katsuragi. Dingin dan getir, mantan sekutunya memandangnya dengan curiga dan menolak untuk mendukungnya saat ia menerima konsekuensi dari tindakannya.
Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari WILLE oleh Rei Ayanami dan dikembalikan ke markas NERV. Di sana, ia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang menawarkan kehangatan dan wawasan kepadanya tentang keadaan perang NERV dengan para Malaikat. Namun, Shinji dan Kaworu hanya punya waktu sebentar untuk beristirahat menjelang pertempuran baru, di mana Shinji menyadari bahwa musuh-musuhnya bukan lagi Malaikat, melainkan mantan kawan. Dalam konfrontasi sengit ini untuk menentukan masa depan dunia, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.
[Written by MAL Rewrite]
